[{"date_updated":"2023-08-16T06:41:21Z","doi":"10.1007/978-1-62703-733-4_22","author":[{"full_name":"Frahm, Björn","last_name":"Frahm","first_name":"Björn","id":"45666"}],"type":"book_chapter","date_created":"2023-08-14T17:50:56Z","publisher":"Humana Press","abstract":[{"text":"For the production of biopharmaceuticals a seed train is required to generate an adequate number of cells for inoculation of the production bioreactor. This seed train is time- and cost-intensive but offers potential for optimization. A method and a protocol are described for the seed train mapping, directed modeling without major effort, and its optimization regarding selected optimization criteria such as optimal points in time for cell passaging. Furthermore, the method can also be applied for the set-up of a new seed train, for example for a new cell line. Although the chapter is directed towards suspension cell lines, the method is also generally applicable, e.g. for adherent cell lines.","lang":"eng"}],"year":"2013","series_title":"Methods in Molecular Biology","_id":"10214","intvolume":"      1104","department":[{"_id":"DEP4000"}],"keyword":["Seed train","Optimization","Modeling","Prediction","Space-Time-Yield (STY)","Systems approach","Bioinformatics","Computational biotechnology","Suspension","Production"],"volume":1104,"publication_status":"published","user_id":"83781","page":"355–367","place":"Totowa, NJ","citation":{"din1505-2-1":"<span style=\"font-variant:small-caps;\">Frahm, Björn</span>: Seed Train Optimization for Cell Culture. In: <span style=\"font-variant:small-caps;\">Pörtner, R.</span> (Hrsg.): <i>Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols</i>, <i>Methods in Molecular Biology</i>. Bd. 1104. 3. Aufl. Totowa, NJ : Humana Press, 2013, S. 355–367","bjps":"<b>Frahm B</b> (2013) Seed Train Optimization for Cell Culture. In Pörtner R (ed.), <i>Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols</i>, 3rd ed., vol. 1104. Totowa, NJ: Humana Press, pp. 355–367.","ieee":"B. Frahm, “Seed Train Optimization for Cell Culture,” in <i>Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols</i>, 3rd ed., vol. 1104, R. Pörtner, Ed. Totowa, NJ: Humana Press, 2013, pp. 355–367. doi: <a href=\"https://doi.org/10.1007/978-1-62703-733-4_22\">10.1007/978-1-62703-733-4_22</a>.","van":"Frahm B. Seed Train Optimization for Cell Culture. In: Pörtner R, editor. Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols. 3rd ed. Totowa, NJ: Humana Press; 2013. p. 355–67. (Methods in Molecular Biology; vol. 1104).","short":"B. Frahm, in: R. Pörtner (Ed.), Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols, 3rd ed., Humana Press, Totowa, NJ, 2013, pp. 355–367.","havard":"B. Frahm, Seed Train Optimization for Cell Culture, in: R. Pörtner (Ed.), Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols, 3rd ed., Humana Press, Totowa, NJ, 2013: pp. 355–367.","ufg":"<b>Frahm, Björn</b>: Seed Train Optimization for Cell Culture, in: <i>Pörtner, Ralf (Hg.)</i>: Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols, Bd. 1104, Totowa, NJ <sup>3</sup>2013 (Methods in Molecular Biology),  S. 355–367.","mla":"Frahm, Björn. “Seed Train Optimization for Cell Culture.” <i>Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols</i>, edited by Ralf Pörtner, 3rd ed., vol. 1104, Humana Press, 2013, pp. 355–67, <a href=\"https://doi.org/10.1007/978-1-62703-733-4_22\">https://doi.org/10.1007/978-1-62703-733-4_22</a>.","apa":"Frahm, B. (2013). Seed Train Optimization for Cell Culture. In R. Pörtner (Ed.), <i>Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols</i> (3rd ed., Vol. 1104, pp. 355–367). Humana Press. <a href=\"https://doi.org/10.1007/978-1-62703-733-4_22\">https://doi.org/10.1007/978-1-62703-733-4_22</a>","chicago-de":"Frahm, Björn. 2013. Seed Train Optimization for Cell Culture. In: <i>Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols</i>, hg. von Ralf Pörtner, 1104:355–367. 3. Aufl. Methods in Molecular Biology. Totowa, NJ: Humana Press. doi:<a href=\"https://doi.org/10.1007/978-1-62703-733-4_22\">10.1007/978-1-62703-733-4_22</a>, .","chicago":"Frahm, Björn. “Seed Train Optimization for Cell Culture.” In <i>Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols</i>, edited by Ralf Pörtner, 3rd ed., 1104:355–67. Methods in Molecular Biology. Totowa, NJ: Humana Press, 2013. <a href=\"https://doi.org/10.1007/978-1-62703-733-4_22\">https://doi.org/10.1007/978-1-62703-733-4_22</a>.","ama":"Frahm B. Seed Train Optimization for Cell Culture. In: Pörtner R, ed. <i>Animal Cell Biotechnology - Methods and Protocols</i>. Vol 1104. 3rd ed. Methods in Molecular Biology. 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The additional high nutrient availability in highly decomposed peat soils of these newly formed ecosystems favours the fast establishment of a small number of helophytes while the return of lost target species like low sedges and brown mosses could be delayed for decades. We hypothesise that the phosphorus (P) uptake of the newly developed vegetation substantially influences the P cycle in rewetted fens. Therefore, we investigated how much of the P released in upper degraded peat soils is pumped across the redox-interface between the soil and surface water (=‘P barrier’) during the growing season (∼150 days) by six helophytes (Phragmites australis, Typha latifolia, Glyceria maxima, Carex acutiformis, Carex riparia, and Phalaris arundinacea) in five rewetted fens. We then assessed how this would affect the different plant-available P fractions in the rooted degraded peat layers. The highest P uptake during the growing season (duration 150 days from May to September) was recorded for T. latifolia and G. maxima (3.0 and 2.8 g m−2, respectively). Overall, the P uptake was in the range of the P mobilisation rates we measured in highly decomposed peat soils (range: 0.8–15.6 g P m−2, n = 30), but four to 10-fold higher than diffusive net P fluxes at the interface between soil and surface water. Accordingly, helophytes are able to compensate for the high P mobilisation in degraded peat soils during the growing season, by incorporating this P into biomass. On the other hand a large part of the plant-P stock is released after die back through leaching and mineralisation, which increases the P load of these newly formed shallow lakes and possibly also of adjacent water courses. We estimated that it would still take 20–50 years to exhaust the large pool of plant-available P in highly decomposed peat soils if aboveground biomass was removed. Without any further management apart from fen rewetting it is unlikely that the fens will return to low nutrient levels within a human life time."}],"author":[{"first_name":"Dominik","last_name":"Zak","full_name":"Zak, Dominik"},{"last_name":"Gelbrecht","first_name":"Jörg","full_name":"Gelbrecht, Jörg"},{"first_name":"Stefan","last_name":"Zerbe","full_name":"Zerbe, Stefan"},{"full_name":"Shatwell, Tom","first_name":"Tom","last_name":"Shatwell","orcid":"0000-0002-4520-7916","id":"86424"},{"last_name":"Barth","first_name":"Martin","full_name":"Barth, Martin"},{"full_name":"Cabezas, Alvaro","first_name":"Alvaro","last_name":"Cabezas"},{"full_name":"Steffenhagen, Peggy","first_name":"Peggy","last_name":"Steffenhagen"}],"type":"scientific_journal_article","date_created":"2024-12-08T20:42:18Z","issue":"5","year":"2013","_id":"12247","quality_controlled":"1","department":[{"_id":"DEP8022"}],"keyword":["Leaching","Phosphorus retention","Phragmites australis","Top soil removal","Redox interface","Rewetting"],"intvolume":"        66","publication_status":"published","volume":66,"page":"82-90","citation":{"chicago":"Zak, Dominik, Jörg Gelbrecht, Stefan Zerbe, Tom Shatwell, Martin Barth, Alvaro Cabezas, and Peggy Steffenhagen. “How Helophytes Influence the Phosphorus Cycle in Degraded Inundated Peat Soils – Implications for Fen Restoration.” <i>Ecological Engineering</i> 66, no. 5 (2013): 82–90. <a href=\"https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2013.10.003\">https://doi.org/10.1016/j.ecoleng.2013.10.003</a>.","ama":"Zak D, Gelbrecht J, Zerbe S, et al. 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Since interactions between these factors may be important, we cultivated Stephanodiscus minutulus and Nitzschia acicularis (freshwater diatoms) under silicon limitation at different temperatures and photoperiods in continuous and batch culture. The Monod parameters of Si-limited growth indicated that S. minutulus should be superior under Si limitation. The type of interaction between silicate, temperature and photoperiod differed between species and indicated that the advantage of S. minutulus increases under low temperatures and photoperiods. Competition experiments in semicontinuous culture confirmed these predictions and were described accurately with a model of factor interactions. Multiple regression analysis of field data from a shallow eutrophic lake showed that dissolved silicate (DSi), temperature, photoperiod and total phosphorus (TP) were the most important predictors of spring centric diatom biovolume, where lower temperatures and photoperiods favour this group and higher biovolumes coincide with DSi depletion and higher TP. Pennate diatoms depended more on light, winter population size and grazer abundance. Conditions in situ suggested that factor interactions play a role during spring under strong Si limitation. We propose that the type of interaction reflects specific niche adaptation. Understanding interactions between physical factors and nutrients will increase our understanding of phytoplankton diversity and predictive accuracy of phytoplankton dynamics including combined effects of climate and trophic change."}],"publisher":"Oxford University Press (OUP)","author":[{"orcid":"0000-0002-4520-7916","id":"86424","full_name":"Shatwell, Tom","last_name":"Shatwell","first_name":"Tom"},{"first_name":"Jan","last_name":"Köhler","full_name":"Köhler, Jan"},{"full_name":"Nicklisch, Andreas","first_name":"Andreas","last_name":"Nicklisch"}],"type":"scientific_journal_article","date_created":"2024-12-08T20:43:29Z","doi":"10.1093/plankt/fbt058","date_updated":"2024-12-09T09:04:06Z","main_file_link":[{"url":"https://doi.org/10.1093/plankt/fbt058"}],"extern":"1","status":"public","publication_identifier":{"issn":["0142-7873"],"eissn":["1464-3774"]},"title":"Temperature and photoperiod interactions with silicon-limited growth and competition of two diatoms","publication":"Journal of Plankton Research","language":[{"iso":"eng"}],"citation":{"ama":"Shatwell T, Köhler J, Nicklisch A. 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In: <i>Journal of Plankton Research</i> Bd. 35. Oxford, Oxford University Press (OUP) (2013), Nr. 5, S. 957–971","bjps":"<b>Shatwell T, Köhler J and Nicklisch A</b> (2013) Temperature and Photoperiod Interactions with Silicon-Limited Growth and Competition of Two Diatoms. <i>Journal of Plankton Research</i> <b>35</b>, 957–971."},"place":"Oxford","page":"957-971","user_id":"83781","publication_status":"published","volume":35},{"user_id":"83781","page":"47-56","citation":{"bjps":"<b>Kirillin G, Shatwell T and Kasprzak P</b> (2013) Consequences of Thermal Pollution from a Nuclear Plant on Lake Temperature and Mixing Regime. <i>Journal of Hydrology</i> <b>496</b>, 47–56.","din1505-2-1":"<span style=\"font-variant:small-caps;\">Kirillin, Georgiy</span> ; <span style=\"font-variant:small-caps;\">Shatwell, Tom</span> ; <span style=\"font-variant:small-caps;\">Kasprzak, Peter</span>: Consequences of thermal pollution from a nuclear plant on lake temperature and mixing regime. 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Kasprzak, “Consequences of thermal pollution from a nuclear plant on lake temperature and mixing regime,” <i>Journal of Hydrology</i>, vol. 496, no. 7, pp. 47–56, 2013, doi: <a href=\"https://doi.org/10.1016/j.jhydrol.2013.05.023\">10.1016/j.jhydrol.2013.05.023</a>.","apa":"Kirillin, G., Shatwell, T., &#38; Kasprzak, P. (2013). Consequences of thermal pollution from a nuclear plant on lake temperature and mixing regime. <i>Journal of Hydrology</i>, <i>496</i>(7), 47–56. <a href=\"https://doi.org/10.1016/j.jhydrol.2013.05.023\">https://doi.org/10.1016/j.jhydrol.2013.05.023</a>","chicago-de":"Kirillin, Georgiy, Tom Shatwell und Peter Kasprzak. 2013. 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For this purpose, we used the lake model FLake and analyzed 50 years of temperature data from Lake Stechlin, Germany, which served as the cooling water reservoir for the Rheinsberg NPP from 1966 until 1990. Both modeling and statistical data analysis revealed a strong influence of the NPP cooling water discharge on the lake water temperatures and the vertical stability of the water column. A remarkable effect of thermal pollution consisted of strong vertical mixing in winter produced by the discharge of warm water into the lake when ambient water temperatures were below 4 °C. This effect caused a significant increase in the deep hypolimnion temperatures and a corresponding decrease of the vertical stability in the summer. In turn, climate warming had the opposite effect on the summer stability by increasing lake surface temperatures. Both the thermal pollution and climate change increased the duration of the summer stratification period. Our results suggest that industrial thermal pollution in temperate lakes during winter is stored in the deep water column until the next winter, whereas heat added in the summer dissipates relatively rapidly into the atmosphere. 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Prominente PoliterInner, HistorikerInner, ArchitektInner, SportlerInner, SchülerInner u.v.a.m. kommen zu Wort. See Lemgo vermittelt eine ganz neue Sicht auf das Erbe Engelbert Kämpfers, es würdigt Marianne Weber als Tochter der Stadt und greift bisher nie beschriebene Schicksale auf: Adolf Sternheim, Erich Katzenstein, Wilhelm Lammersmeier oder Minna Multhaupt.\r\n\r\nDas Buch ist aus der ehemaligen und erfolgreichen Website www.see-lemgo.de hervorgegangen."}],"place":"Lemgo","citation":{"apa":"Ehret, M., Carstensen, J., Scheffler,  Jürgen, Pohl,  Burkhard, Koczy,  Ute, &#38; Berlemann, J. (2013). <i>See Lemgo</i>. Lemgo: e-enterprise.","chicago-de":"Ehret, Marietta, Jan Carstensen,  Jürgen Scheffler,  Burkhard Pohl,  Ute Koczy und Jochem Berlemann. 2013. <i>See Lemgo</i>. Lemgo: e-enterprise.","mla":"Ehret, Marietta, et al. <i>See Lemgo</i>. e-enterprise, 2013.","bjps":"<b>Ehret M <i>et al.</i></b> (2013) <i>See Lemgo</i>. 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Bischofberger <i>et al.</i>, <i> Integriertes Wasserressourcenmanagement (IWRM) im nördlichen Namibia - Cuvelai-Delta : Teilprojekt Sozialökologie und Koordination - Technologie Sanitär/Abwasser ; Schlussbericht Phase II ; Projektlaufzeit: 01.06.2010 - 31.05.2013 (kostenneutral verlängert bis 30.09.2013) </i>. Frankfurt am Main: Institut für Sozial-Ökologische Forschung , 2013. doi: <a href=\"https://doi.org/ https://doi.org/10.2314/GBV:798280174 \"> https://doi.org/10.2314/GBV:798280174 </a>.","van":"Bischofberger J, Deffner J, Felmeden J, Kluge T, Krug von Nidda A, Röhrig J, et al.  Integriertes Wasserressourcenmanagement (IWRM) im nördlichen Namibia - Cuvelai-Delta : Teilprojekt Sozialökologie und Koordination - Technologie Sanitär/Abwasser ; Schlussbericht Phase II ; Projektlaufzeit: 01.06.2010 - 31.05.2013 (kostenneutral verlängert bis 30.09.2013) . Frankfurt am Main: Institut für Sozial-Ökologische Forschung ; 2013.","havard":"J. Bischofberger, J. Deffner, J. Felmeden, T. 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Frankfurt am Main : Institut für Sozial-Ökologische Forschung , 2013","mla":"Bischofberger, Jenny, et al. <i> Integriertes Wasserressourcenmanagement (IWRM) im nördlichen Namibia - Cuvelai-Delta : Teilprojekt Sozialökologie und Koordination - Technologie Sanitär/Abwasser ; Schlussbericht Phase II ; Projektlaufzeit: 01.06.2010 - 31.05.2013 (kostenneutral verlängert bis 30.09.2013) </i>. Institut für Sozial-Ökologische Forschung , 2013, <a href=\"https://doi.org/ https://doi.org/10.2314/GBV:798280174 \">https://doi.org/ https://doi.org/10.2314/GBV:798280174 </a>.","apa":"Bischofberger, J., Deffner, J., Felmeden, J., Kluge, T., Krug von Nidda, A., Röhrig, J., &#38; Woltersdorf, L. (2013). <i> Integriertes Wasserressourcenmanagement (IWRM) im nördlichen Namibia - Cuvelai-Delta : Teilprojekt Sozialökologie und Koordination - Technologie Sanitär/Abwasser ; Schlussbericht Phase II ; Projektlaufzeit: 01.06.2010 - 31.05.2013 (kostenneutral verlängert bis 30.09.2013) </i>. 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